肛裂的治疗方法有很多，一般认为对早期肛裂应采用保守的治疗方法，比较可靠的保守疗法是保持大便稀软、局部用药、扩肛和注射等。对陈旧性肛裂、慢性及急性肛裂经治疗无效者，则应选择手术治疗。
新鲜肛裂的治疗方法：经非手术治疗可达愈合，如局部热水坐浴，便后用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，可促使肛门括约肌松弛;溃疡面涂抹消炎止痛软膏(含地卡因、黄连素、灭滴灵等)，促使溃疡愈合;口服缓泻剂，使大便松软、润滑;疼痛剧烈者可用普鲁卡因局部封闭或保留灌肠，使括约肌松弛。
陈旧性肛裂的治疗方法：经上述治疗无效，可采用手术切除、包括溃疡连同皮赘(前哨痔)一并切除，还可切断部分外括约肌纤维，可减少术后括约肌痉挛，有利愈合，创面不予缝合，术后保持排便通畅，热水坐浴和伤口换药，直至完全愈合。近年来采用液氮冷冻肛裂切除术，获得满意疗效，术后痛苦小，创面不出血，不发生肛门失禁等优点。
肛裂的治疗原则是急性肛裂以保守疗法即非手术疗法为主，宜止痛止血，防止出现疼痛恶性循环。对慢性肛裂或者Ⅲ期肛裂，要以手术治疗为主，彻底消除肛裂的病因及加剧疼痛的因素。最新的手术疗法大致有以下几种方法：
①切除术：适用于Ⅲ期或慢性肛裂，术后效果好，极少复发。
②后方内括约肌切开术：主要目的是消除内括约肌痉挛。
③侧方内括约肌切开术：主要目的是减少和防止肛门功能不良。
④肛管扩张术：主要用于各种原因引起的肛管弹性消失和收缩，括约肌功能不良，发生的器质性狭窄。
⑤V-Y肛管成形术：适用于肛管皮肤缺损及明显狭窄的肛裂。
⑥肛门周围皮肤裂治疗：应依据病因病情来选择手术与否。
⑦肛裂并有Ⅰ期或小型Ⅰ期内痔：应先做侧方内括约肌切开术，肛裂治愈后再注射治疗内痔。
⑧其他疗法：如激光、电灼治疗等等。
肛裂的治疗方法一般认为：无严重合并症的应首选内括约肌切断术，合并有皮下瘘、肛乳头肥大和哨兵痔的，应选用肛裂切除术或肛裂切除皮肤移植术。总之，肛裂的治疗原则应是：以止痛和促进为原则。
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